南麂保护区管理局是经省、市机构编制委员会批准建立隶属于平阳县人民政府的副县级机构，负责南麂列岛海洋自然保护区的保护、建设、规划和管理，业务上接受国家海洋局、省海洋局的指导。其主要职能是：

（一）执行国家和省有关自然保护区的法律、法规和规定；

（二）组织编制、实施保护区的总体规划；

（三）制定保护区的各项管理制度；

（四）监督协调有关部门设在保护区的机构的工作；

（五）设置和维护各种保护设施和标志；

（六） 组织并管理在保护区内的科学研究活动和生态环境的监测监视工作；

（七）开展有关海洋自然资源和生态环境保护的宣传教育活动；

（八）监督管理保护区内的旅游开发活动；

（九）按本条例规定对违法行为进行查处；

（十）平阳县人民政府授予的其他管理职能。